Бактериялар мен көк-жасыл балдырлар сияқты микроорганизмдер бактериофагтар деп аталатын вирустарды жиі жұқтырады. Бұндай вирус бактерияның өліміне алып келуі мүмкін. Осындай вирустан қорғану үшін бұл микроорганизмдер өздеріне тән иммундық жүйе қалыптастырған. Яғни вирустың микроорганизмдер жасушасы ішіне енген ДНҚ-сын микроорганиздер көптеген бөлікке бөліп, осы бөлшектерді өз геномына тұрақты аралық салып, шоғырлана тізбектеп алады. Геномдағы бұл аралықтар бір бірін қайталайтындықтан оларды палиндромдық қайталанулар деп атайды. Ал вирус ДНҚ бөлшектері мен микроорганизмдердің қайталанған ДНҚ жиынтығын Тұрақты аралықпен шоғырлана орналасқан қысқа палиндромдық қайталанулар, яғни CRISPR (clustered regularly interspaced short palindromic repeats) деп атайды.
Микроорганизмге кейін тағы бактериофаг вирусы жұққан жағдайда Тұрақты аралықпен шоғырлана орналасқан қысқа палиндромдық қайталанулар (CRISPR) іске қосылады. Яғни ДНҚ-ны оқиытын ақуыздар микроорганизм геномындағы CRISPR-ді оқып, сәйкесті РНҚ дайындайды. Бұл РНҚ бактерия ДНҚ-сымен сәйкес келетіндіктен бактерия ДНҚ-сына жанасып, ДНҚ-ны қиятын Cas9 ақуызының көмегімен вирус ДНҚ-сын қиып бөлшектеп тастайды. Нәтижесінде вирустың көбеюі тежеледі.
Cas9 ақуызы CRISPR жүйесінде маңызды орыл алатындықтан ол генетикалық инженерингте кеңінен қолданылады.
